Problema com chamada externa

Boa Noite, seguinte estou tendo um problema com uma chamada externa a um programa. O mais interessante é que o comando roda perfeitamente no terminal. Já dei permissão de escrita na pasta e tudo mais e simplesmente não vai.

Segue comando:

$cmd_assembler = '/usr/local/bin/spades.py --iontorrent -k 21,33,55,77,99,127 --careful --only-assembler --cov-cutoff auto -s /Applications/XAMPP/htdocs/BacterialGenomePipeline/uploads/' . $_SESSION['newNameFile'] . '-o assemblerLog 2>&1';
 echo exec($cmd_assembler, $out_assembler);

Esse mesmo comando roda no shell, claro que removendo o php e tal.

Segue abaixo mensagem de erro do software que está sendo chamado:

Please provide us with params.txt and spades.log files from the output directory.

Porém o arquivo params.txt e spades.log é gerado quando o programa cria a pasta de saída da execução. O que pode ser?

Abraços,

Matheus