Variavel de javascript para php

Boa tarde pessoal, tenho o script abaixo:

<script language="javascript">
function popup_alerta() {
var atualizar = document.getElementById('pnova').value;
 "<?php
 $pnova = $_GET[atualizar];
 $query2 = "UPDATE ocorrencias SET prioridade_usur = $pnova WHERE numero = $_GET[numero1]";
 $resultado2 = mysql_query($query2);?>"
 }

preciso colocar o valor da variavel atualiza em $pnova

como devo proceder? pelo visto com o GET não funcionou...