Evitar duplicidade de registros (corretamente)

Prezados,

Qual seria a forma mais correta/usual para se evitar a duplicação de registros durante um processo de importação entre tabelas? Quero levar em conta também a questão de performance.

Eu sempre faço uma verificação com um "SELECT" antes do "INSERT". Caso o registro não exista na tabela de destino é que eu faço o "INSERT" do novo registro. Penso que esse método não seja muito legal quando tenho uma volume de registros muito grande, apesar deu nunca ter tido nenhum tipo de problema. Pergunta: Seria melhor utilizar um "INSERT CONDICIONAL", ou seja, utilizar um "WHERE NOT EXIST" e fazer a verificação no próprio momento da inserção?

Grato e aguardo qualquer comentário.