CSS + PHP

Olá, como postei anteriormente estou criando um CMS, e uma coisa que eu queria era que desse pra alterar tudo no site pelo painel, sendo assim ficaria legal se desse pra alterar o CSS. Vi que tem 2 jeitos de fazer isso, por htaccess e pelos headers. Queria saber qual é o "mais eficaz" e se isso é ou não uma boa prática, valeu!