Desativar coletor de lixo no PHP pode trazer problemas?

Eu tenho um problema com meu servidor. 2 minutos antes de cada hora, o site fica indisponível.
Eu descobri que a causa disso é o coletor de lixo do PHP que parece não funcionar bem no Ubuntu.
A mensagem de erro:
[Thu Aug 25 03:26:26 2016] [error] PHP Notice: session_start(): ps_files_cleanup_dir: opendir(/var/lib/php/session) failed: Permission denied (13) in /var/www/vhosts/site/httpdocs/qa-include/app/users.php on line 146
O problema: http://stackoverflow.com/questions/2904862/issues-with-php-5-3-and-sessions-folder

Como eu posso acessar o php.ini para fazer a alteração?
Desativar coletor de lixo no PHP pode trazer problemas?