Proteção de diretórios com htaccess

Ola a todos,

Em meu projeto atual usei o sistema de segurança via htaccess para proteger meus diretórios contra acesso direto (meusite.com/pasta).

Criei um arquivo .htaccess que coloquei dentro das pastas que devem ser protegidas:

AuthType Basic
AuthName "Oi voce esta bloqueado para acessar essa pasta! :)"
AuthUserFile /home/meusite/.htpasswd
Require valid-user
E no arquivo que esta fora do meu diretório raiz que contem a senha (.htpasswd) somente este código:

Admin:$apr1$lwWxFhsv$BGMH8SfA7GomwmaH7xQ2f0

O problema é que ele pede senha não só para acesso direto a estas pastas via navegador mas também para meus arquivos que utilizam require, include, link e etc.

Como posso fazer para proteger meus diretórios e arquivos mas ao mesmo tempo deixar que os arquivos do site tenham acesso a estes diretórios e arquivos?

Agradeço a ajuda.