Ao atualizar o PHP, as modificações que foram feitas são perdidas?

Eu tenho um VPS que tem PHP 5.3.

Eu quero instalar o PHP 5.6 na instalação automática via Plesk.

Há uma alteração na função do coletor de lixo do PHP. Essa alteração será desfeita, voltará ao padrão?

Caso a resposta seja não, existe uma forma de "obrigar" a configuração a retornar ao padrão?

Obrigado a todos e que Deus abençoe.