PHP - Url

Olá, poderiam me ajudar numa dúvida que estou tento?

Estou criando um portal de notícias em PHP com fins acadêmicos e me surgiu um problema quanto ao modo como que estou estruturando o meu site. O problema é o seguinte: venho utilizando a função mkdir() para a criação de diretórios afim de organizar os conteúdos da página e uma outra função copy() para a inserção de arquivos PHP que comportam o conteúdo das notícias. E é justamente no modo como estou utilizando a função copy() que se encontra o problema.

O que quero saber é se é uma má prática usar essa função para copiar um arquivo em um lugar x para o diretório das notícias. Passei a pensar nisto pelo fato de que isso pode vir a gerar problemas futuramente, como, por exemplo, se eu quiser alterar a estrutura desta página que estou copiando a cada vez em que uma notícia é criada, já que eu teria de alterar todos esses arquivos já criados.

Um outro fato também é que é comum achar sites com URLs desta forma: "sitex.com/algum-titulo-inserido-aqui/"

Isso ocorre devido a alguma maneira de ocultar o nome do arquivo que vem após a última barra ("/")? Ou não há um nome de arquivo "escondido" mesmo?

Espero que entendam a minha dúvida. Se alguém souber me explicar, responda este tópico, e se possível indicar a maneira correta de fazer o que eu pretendo, por favor. Vlw galera.