Importação de Arquivos txt

Prezados, tenho um programinha php onde uma de suas funções é importar alguns arquivos txt's para o banco de dados, porém um desses arquivos com mais ou menos 40 mil linhas esta importando apenas 100 linhas em um momento, as vezes mais as vezes menos que 100.

Será algo que tenho que configurar no my.cnf ? Espero que possam me ajudar.

Obrigado.