DIV não quer ficar abaixo da outra

O que era para ser uma tarefa fácil virou uma dor de cabeça.. ( não sei se é porque estou com fome xD )

Bom estou montando um script semelhante ao do Adfly para aguardar 5 segundos para continuar.. estou indo bem.. o problema agora é que a DIV que deveria separar o conteúdo do header  não me ajuda.. nesse link já programado vai ver o que ocorre: https://jsfiddle.net/jvaqcmvs/