Dicas para um novato

Bom dia a todos,

meu primeiro post no fórum, que na verdade já acompanho a algum tempo.

Gostaria de me apresentar, dizer que estou iniciando agora em html/php/js profissionalmente. A algum tempo eu já brincava com essas linguagens porém nada sério, apenas por curiosidade.

Entretanto agora me apareceu algumas oportunidades onde eu trabalho e estou focando meus esforços em um site para a empresa, voltado para a área de vendas e clientes.

A principio já consegui criar um pequeno intranet com autenticação via login e senha, conectando ao meu banco de dados interno e validando.

Já consegui criar um formulário para cadastro de novos clientes com algumas validações também, como por exemplo só digitar números no cpf e etc...

Entretanto quanto mais o site vai crescendo, mais a inexperiência vai tomando conta e surgem diversas dúvidas.

Se alguém puder me ajudar, gostaria de saber se é normal criar várias pastas dentro da árvore de pastas do site?

Por exemplo, quando eu crio uma área para cadastro de clientes, eu faço uma pasta e vira uma sessão inteira voltada para aquele seguimento.

Outra pasta para área de relatórios, outra para cadastros e etc...

Só que eu to começando a sentir que se eu não me organizar isso pode sair do eixo e começar a ficar bagunçado o site.

Será que poderiam me dar dicas de como organizar legal um site?

Obrigado a todos e agradeço desde já.