Múltiplos insert no MySQL

Pessoal, tenho um script usado para sincronização do banco de dados web com o local onde crio um arquivo de texto com os dados das tabelas que serão atualizadas no banco web e depois uso esse arquivo de texto para realizar vários INSERT e UPDATE nas tabelas do banco web. Está tudo funcionando. O problema é que o script demora demais para fazer a sincronização quando o arquivo gerado é muito grande e aí o DNS bloqueia a execução do script dando um erro que diz que a conexão com o site foi renovada...

	 

	Alguém consegue me ajudar a melhorar a performance do script?

	 

	P.S: eu comecei a alterar o código ontem com base em algumas coisas que vi na internet, por isso pode estar com alguns erros.

processo.php