É possível limitar o diretório?

Olá, meu nome é Wilson e estou como uma dúvida, na verdade não sei se o que queria é possível, porém vamos lá.

Bem, tenho um site onde o usuário cria a sua conta com o login e uma senha, também é criada uma pasta com o usuário dele no diretório public_html/files/ login do usuário

Ok até aí tudo bem, nessa pasta o usuário pode criar arquivos .HTML,.CSS,.JS e .PHP utilizando o painel admin.

Uma espécie de projeto de hospedagem onde ele tem seu Mine site.

Porém meu medo é que o usuário use um incluide usando o arquivo de conexão no site que tá na raiz do site e altere valores comprometedores na database, existiria alguma forma de impedir que seja incluído arquivos das outras pastas, ou seja ele só pode dar incluide em dados do diretório dele, dessa forma n poderia comprometer o site todo.