Sistema de tonificação como facebook

Galera estou a algum tempo quebrando a cabeça para desenvolver um sistema de notificação como o do facebook e também utilizado aqui no forum.

Vamos la:

O usuario marca a loja como favorita e recebe notificações quando a loja faz alguma alteração em seus produtos.

Lembrando que quando o usuario logar ele tem que saber quantas notificações teve enquanto estava off

Lembrando que tenho umas 20 lojas diferentes no meu banco de dados.

Queria saber como fica a estruturação do meu db e como ficara o script.

Se alguem puder ajudar agradeço muitoo.