CSS para de funcionar derrepente

Pessoal, com vocês o CSS, as vezes, para de funcionar derrepente em um navegador, mas nos outros funciona perfeitamente? Gostaria de saber porque isso ocorre. Eu acredito que seja problema de compatibilidade entre os navegadores, mas o estranho é que se eu colocar ele diretamente na página ele funciona normalmente, mas se eu linkar  ele assim, por exemplo: "<link rel="stylesheet" href="css/index.css">" ele as vezes para de funcionar em um navegador e no outro dia "as vezes" volta a funcionar normalmente. Gostaria de saber se dá para corrigir isso, se não der eu vou colocar puro na página, mesmo que fique menos organizado.