MVC - Qual a melhor forma de organizar módulos?

Olá pessoal.

Estou com a seguinte duvida.

Qual a melhor maneira de organizar um projeto que será desenvolvido no padrão MVC que contenha diferentes módulos?

Dessa maneira:

-
app

-
modulos

-modulo1

-
controller

modulo1Controller.php

-
model

modulo1Model.php

-
bean

modulo1Bean.php

-
view

modulo1View.php

-modulo2

-
controller

modulo2Controller.php

-
model

modulo2Model.php

-
bean

modulo2Bean.php

-
view

modulo2View.php

-
core

-
config.php

htaccess

index.php

composer.json

Ou assim:

-
app

-
controllers

controller1.php

controller2.php

controller3.php

-
models

model1.php

model2.php

model3.php

-
beans

bean1.php

bean2.php

bean3.php

-
views

view1.html

view2.html

view3.html

-
core

-
config.php

htaccess

index.php

composer.json

Sendo que, a url precisa ficar dessa maneira: http://projeto.com.br/nomedomodulo/actiondocontroller