Como trabalhar com Typescript e Pacotes

Bom dia!

Estou com uma dificuldade em alinhar um desenvolvimento para Front usando Typescript, RequireJs e pacotes NPM, Bower, Yarn e etc.

Meu objetivo: Criar códigos Typescript, separar o desenvolvimento em módulos AMD e chama-los através do RequireJs. Estava funcionando bem até chegar a um módulo composto por dois ou mais arquivos que são mesclados em um único arquivo, até aqui consegui com um relativo sucesso, mas tive um pequeno problema, a chamada para os meus pacotes ficaram assim:

define("Alvo", ["require", "exports", "../node_modules/@organizacao/pacote/index"], function (require, exports, pacote) {
 // Código
});

	Quando o objetivo era obter algo como:

define("Alvo", ["require", "exports", "@organizacao/pacote"], function (require, exports, pacote) {
 // Código
});

	O que resolvi editando o arquivo gerado manualmente, mas isso não é algo prático.

	 

	Vocês tem alguma sugestão? Estou indo no caminho correto? Existe uma forma melhor de se trabalhar?