Como implementar classe DAO que possui relações entre tabelas?

Cheguei em um ponto da minha aplicação em que preciso relacionar tabelas em uma única consulta.

Até o momento, uso uma classe DAO para cada tabela no banco de dados, com funções CRUD básicas.Mas agora surgiu a necessidade de relacionar essas tabelas, qual é a camada que faz isso e como ela funciona?

 Por exemplo: A Classe PermissionsDAO faz insert, update, delete, select na tabela permissions, mas essa classe agora precisa acessar as tabelas privileges, groups, user_groups, etc.

 Procurei na net, há várias explicações, (e a busca aqui do Fórum está desagradável)

 mas cada um diz uma coisa. Fiquei mais confuso ainda!

  

 Estou tentando implementar o padrão MVC.