JavaFX: Código Java ou FXML

Estou aprendendo Java a pouco tempo(Um mês mais ou menos). Comecei a criar GUI no Swing, todavia, eu gosto de utilizar a linguagem atualizada ao máximo, dai resolvi migrar para o JavaFX. Até o momento, só montei as GUI em código Java, e sinceramente, eu gostei muito, mesmo ficando um pouco confuso quando o programa estiver muito extenso, eu ainda prefiro o código Java, só que dando uma procurada na internet, até a própria Oracle recomenda FXML pois o mesmo separa a lógica do programa da sua interface gráfica. A dúvida é: As empresas que utilizam o JavaFX preferem FXML? a desvantagem é muito grande de código java para FXML, no quesito desorganização? Se eu continuar com código Java posso ter uma desvantagem muito grande nos meus programas ou até mesmo ser considerado “Noob” de programação por está utilizando um método menos limpo?