Leietura e gravação de arquivo com código QR

Bom dia a todos .... estou com um projeto novo e bem complicado ....... foi me dado a tarefa de criar um GED onde os documentos são escaneados em um único arquivo de imagem .... cada documento possui uma etiqueta com um código QR ...... preciso separar a imagem em vários documentos organizados pelo código QR e disponibilizar no portal para consulta.....

dúvida ....

existem vários scripts para ler o arquivo com o código QR ..... mas como separá-lo não consegui imaginar como montar isso  .... alguém tem alguma ideia ????

Fluxo ->

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Documentos etiquetados com código QR

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Documentos escaneados gerando um único arquivo  ( Scanner de grande porte por isso gera somente um arquivo).

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Ler arquivo e separa-lo por código QR. ------

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Disponibilizar imagens para consulta no portal.

Desde já muito Obrigado