Migração de banco de dados

Tenho um site em PHP que utiliza MS-SQL e estou querendo migrar para MySQL.

A questão é que vou ter que desenvolver toda a programação de querys, etc...então eu poderia refazer a estrutura de banco tudo do zero, dar novos nomes de colunas e tabelas, mesmo porque tem campos inutilizados, criados inadequadamente, e vou precisar acrescentar coisas novas, mas, receio que recriar vai me dar mais trabalho depois na hora de importar os dados de um para outro, do que se eu utilizasse a mesma estrutura de tabelas, colunas, nomes, tipos de campos, etc.

Vocês que são mais experientes e já passaram por isso, o que me aconselham a fazer?