Flatten array

Olá pessoal,

Esotu com um pequeno "bug" ou algo mal codado que há situações onde meu array cria indices e há momentos que ele não cria indices...

Vejam o código:

 //implode de ids vindo de multiple select agrupados em json
 $idGrupo    = implode(",",$x['grupo']);

//Consulto no BD todos os detalhes do grupo selecionado

 $queryGrupo = "SELECT ddi,id FROM bookgroup WHERE user_id='{$userID}' and id IN ($idGrupo)";
 $sqlGrupo   = mysqli_query($connect_sql,$queryGrupo);
 $grupo = [];

//fetch todos os grupos selecionados com id e ddi num novo array para reutilizare
while($bdd = mysqli_fetch_assoc($sqlGrupo)){
  $grupo[] = [
    "id"  => $bdd['id'],
    "ddi" => $bdd['ddi']

  ];
}

//implode de todos os IDs agrupados num json de checkboxes selecionados pelo usuario
$idContato    = implode(",",$x['ids']);

//Consulto dados dos contatos e os agrupo num array para reutilizar

$queryContato = "SELECT ddi,id,group_id FROM phonebook WHERE user_id='{$userID}' and id IN ($idContato)";
$sqlContato   = mysqli_query($connect_sql,$queryContato);
$contato = [];

//fetch os contatos selecionados e checa se o ddi do grupo é idem ao ddi do contato
while($bdd = mysqli_fetch_assoc($sqlContato)){

//array com os grupos existentes no contato
$contato['oldGroup'][$bdd['id']] = ((json_decode($bdd['group_id'],true) == null) ? [] : json_decode($bdd['group_id'],true));

//fetch e agrupo os grupos por contato

 foreach($grupo as $grp){
   if($grp['ddi'] == $bdd['ddi']){
     $contato['newGroup'][] = [
       "grupoID" => $grp['id'],
       "cttID"   => $bdd['id']
     ];
   }
 }
}

//Agrupo loop com base no ID do contato

$agrupaContato = [];
foreach ($contato['newGroup'] as $key => $element) {
    $agrupaContato[$element['cttID']][] = $element['grupoID'];
}

//Agrupo o loop vom base no ID e monto nova chave de grupos mantendo os já existentes

foreach($agrupaContato as $key => $value){
	//checo se grupo não pertence
    if(!in_array($value, $contato['oldGroup'][$key])){
      $novoGrupo[$key] = array_merge($value,$contato['oldGroup'][$key]);
      $novoGrupo[$key] = array_unique($novoGrupo[$key]);

	//se não pertencer, mantenho grupo de array intacto
    }else{
      $novoGrupo[$key] = $contato['oldGroup'];
    }
}

//Salvo o novo conjunto de array em json no banco de dados dos grupos selecionados ao contato

foreach($novoGrupo as $key => $teste){
  $listaGrupos[$key] = json_encode($novoGrupo[$key]);
  $queryUpdate = "UPDATE phonebook SET
  group_id = '{$listaGrupos[$key]}'
  WHERE user_id='{$userID}' and id='{$key}'";
  $sqlUpdate   = mysqli_query($connect_sql,$queryUpdate);
}
  echo mysqli_error($connect_sql);
  echo json_encode($sqlUpdate);

	Vamos supor que um contato é selecionado e nele tem salvo o json de grupos

["1","3","5"]

O que meu código faz é identificar se o grupo selecionado faz parte deste json, se não fizer o adiciona e se fizer não o adiciona mantendo o objeto intacto

Quando eu seleciono todos os grupos já existentes no contato, o json é salvo no formato que pretendo, que é:

["1","3","5"]

Agora, se eu seleciono apenas um ou dois grupos, mas não todos dos já existentes no contato, o array de grupos é salvo como

{0:1,1:3,2:5}

Ou seja, errado porque não quero que salve com indices.

Como posso ajustar esse código para que eu sempre consiga salvar o array limpo sem indices?