Retirar espaços de um arquivo txt com PHP

Olá pessoal.

Como faço para retirar os espaços de um arquivo txt? Por ex.: Tenho o arquivo abaixo (apenas um trecho, pois o arquivo é grande):

10400000         2090183800001990000000000000000000001234204321000000000EMPRESA                       C ECON FEDERAL                          20601201405551100162204000000                    RETORNO-PRODUCAO                  000            
10400011T0100030 20090183800001990000000000000000000001234204321000000000EMPRESA                                                                                                       00001622060120140000000000                          00   
1040001300001T 060000000432100000000   240000000111369979100000000000000002012014000000000008000000010860000000000000000          090000000000000000

Como faço para que ele fique da seguinte forma (O ex. abaixo é de um outro arquivo):

02RETORNO0000000000000000011119999990000000000000000000000000000000000000000104000000000000000201016000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001

O código inicial que tenho é esse:

$arquivo = $_FILES["Arquivo"]["tmp_name"];

$ler = fopen($arquivo,"r");

while(!feof($ler)){

  $linhas = fread($ler,999999);

   $banco = substr($linhas,0,3);
   $lote = substr($linhas,4,7);
   $registro = substr($linhas,8,8);

}
echo "Banco: " .$banco."<br>";
echo "Lote: " .$lote."<br>";
echo "Registro: " .$registro."<br>";

	Obrigado