Links e páginas do site

Bom dia comunidade,

Estou tentando me atualizar no desenvolvimento web, pois faz alguns anos que parei e estou voltando. Não sei se este é o canal ideal para postar minha dúvida. Se por acaso for em outro canal, me comuniquem.

Dúvida: Qual a melhor maneira (do ponto de vista de melhores práticas e de tendência de desenvolvimento atual), de trabalhar os links do site que preciso desenvolver. Links internos das páginas do próprio site.

Anteriormente, eu separava o site em partes (topo, corpo e rodapé), e utilizava recursos tipo include ou require do php. E usando o link (normalmente no menu do site) disparava para um outro arquivo e montava a estrutura das partes. Cada link e arquivo repetindo a estrutura.  (Espero ter sido claro).

Bem... isso a 10 anos atrás... ou mais hehe... 2007, 2008... eu usava isso e me parecia ser a tendência e a prática correta para a época.

E hoje? Como se desenvolvem os sites? Como trabalho de forma correta nessa transição entre as páginas? O que devo fazer para desenvolver com as práticas atuais. Alguma referência?

Agradeço desde já.

Atte,