Via Verde em C

Boa tarde pessoal.

Sou novo a programar em C, programo diariamente em PHP e já programei em C#.

Porém agora tenho que fazer um projeto para a minha Licenciatura em C, um programa estilo Via Verde.

Mas estou com dificuldades, pois o meu pensamento está mais virado para Base de Dados.

Se alguém me puder tirar as seguintes dúvidas agradeço:

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Como recomendam estruturar os ficheiros para guardar os dados do cliente, os veículos e as viagens?

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Como posso fazer a pesquisa num ficheiro, por exemplo inserir 123456789 e aparecer me os dados do cliente com esse NIF?

Obrigado