Problema com cache

Olá amigos

Estou com um pequeno problema em um sistema PHP.

Periodicamente venho fazendo algumas atualizações no sistema web como alteração nos arquivos html, js e css porém como esperado essas alterações não são sentidas nos navegadores da maioria dos clientes, até que eles limpem o cache ou CRTL + F5. Assim estou tendo grandes problemas, pois além do layout do sistema, também esta afetando mascaras como por exemplo campos de preço onde deveria auto preencher com formato de preço(R$ 0,00), algumas regras como por exemplo campos que devem ser convertidos para letras maiúsculas. Pra resolver esse problema comecei a versionar os arquivos há cada atualização, assim foi resolvido na maioria dos navegadores, porém ainda tenho casos que o problema persiste.

Alguma dica do que mais pode ser feito para que consiga afetar todos os clientes ?