Acesso a arquivos de sistema multi usuarios.

Olá amigos.

Estou desenvolvendo  um sistema, que pretendo disponibilizar para vários clientes, no entanto no modelo antigo, eu tinha que colocar todo o sistema dentro da pasta do cliente no ftp para pode rodar, o que não é vialvel pois a cada edição terei que refazer o mesmo trabalho para todos os clientes.

Migrei o sistema de procedural para POO e estou usando MVC como estrutura, de inicio consigo por o sistema em uma pasta e apenas os arquivos básicos na pasta cliente.

na pasta do cliente ficam

-
index

-
config

-
environment

-

 .htaccess

	 

	no caso, a home do projeto funciona bem, mas quando se tenta acessar outras paginas, ele não encontra ou mostra uma template incorreta.

	 

	para um resumo:

	tenho um sistem no endereço exemplo

	www.meusistema.com.br

	 

	cada cliente tem um subdominio:

	cliente.meusistema.com.br

	 

	eu gostaria que na pasta do cliente, ficasse apenas os arquivos de configuração, pois quando for fazer a manutenção do sistema, as alterações sejam validas para todos os clientes.