API express.js e MySQL x API express.js e MongoDB

Estou montando uma API para usar com BD MySQL, mas futuramente migraremos o BD para MongoDB... deverei mudar muitas coisas da API ? Terei muito retrabalho ?

O que acontece é que o projeto já existe e atualmente o BD é em MySQL e APIs em PHP... mas o projeto será migrado para a stack  MERN (MongoDB, Express, React e Node)